O presidente da Associação do Produtores de Soja de Mato Grosso (Aprosoja), Glauber Silveira da Silva, avalia que no médio prazo o Brasil manterá uma média de 30% de produção de soja convencional, porcentual considerado suficiente para atender a demanda mundial. Sem incentivos, entretanto, o índice de soja não transgênica cairia a 10% do total. Embora admita que a soja convencional seja um mercado especial - "caminhando para um nicho de mercado", como diz Paghi - os organizadores do programa Soja Livre acreditam que haverá sempre um nicho de mercado para a variedade tradicional."A tecnologia está aí, mas a decisão tem que ser do agricultor. Há vantagens que precisam ser consideradas tanto em uma como em outra tecnologia", afirmou Paghi. Em relação à soja convencional, os organizadores da campanha citam fatores positivos a rentabilidade superior, a agregação de valor. Em relação à soja transgênica, destacam pontos como o custo da semente (chama de "taxa tecnológica"), o custo do glifosato, produtividade menor em situações específicas e o desenvolvimento de plantas daninhas resistentes. A mescla do uso das duas variedades permitiria a manutenção da competitividade, a redução da dependência (no caso de sementes transgênicas desenvolvidas por empresas estrangeiras) e a regulação do mercado.
Os objetivos do programa Soja Livre são ampliar a oferta de sementes de soja convencional e seu acesso aos produtores, desenvolver e fortalecer parcerias para a transferência de tecnologias de cultivares de soja convencionais da Embrapa e ampliar a oferta de soja convencional para a indústria produtora. Apesar das intenções, os organizadores do programa admitem que o sucesso depende de variáveis de mercado, ou seja, demanda pela soja comum com o pagamento de valores maiores pelo produto. Segundo Paghi, dependendo do tipo de contrato, a compra de lotes de soja convencional aceita índices de contaminação por variedade transgênica entre 0,1% e 0,9% do total, no máximo.